Sekolah Menengah Kebangsaan Bagan Jaya telah ditubuhkan pada tahun 1998. Pada peringkat permulaannya sekolah ini dikenali sebagai SMK Kampung Simpah sebelum ditukarkan kepada nama SMK Bagan Jaya. Sidang akademiknya yang pertama telah bermula pada 5 Januari 1998 dengan 401 orang pelajar yang terdiri daripada 5 Kelas Tingkatan Peralihan dan 5 Kelas Tingkatan Satu.
Barisan kakitangan sekolah diketuai oleh Dr. Goh Kok Keng selaku Pengetua Pertama SMKBJ, Penolong Kanan Encik Khoo Boo Eng, 22 orang guru dan dibantu oleh 5 Orang Staff Sokongan. Pada tahun 1999, tenaga pengajar bertambah menjadi 36 orang guru. Staff akademik ini bertanggungjawab mendidik 718 orang pelajar yang terdiri daripada 6 Kelas Peralihan, 8 Kelas Tingkatan Satu dan 5 Kelas Tingkatan 2.
Pada tahun 2000, enrolmen pelajar telah meningkat kepada 929 orang. Bilangan guru juga telah bertambah kepada 52 orang. Lantaran itu, sesi persekolahan terpaksa dibahagikan kepada 2 sesi iaitu sesi pagi dan sesi petang. Bilangan pelajar dan guru sekolah ini juaga kian bertambah. Pada tahun 2001 sekolah ini mempunyai seramai 1261 pelajar dan 67 orang guru.
Pada 1 Julai 2003 Tuan Pengetua SMK Bagan Jaya, Dr. Goh Kok Keng telah dinaikkan pangkat sebagai Ketua Sektor Akademik Jabatan Pelajaran Pulau Pinang Tempat Dr. Goh Kok Keng telah diganti oleh Encik Ooi Lean Kok bermula 1 Julai 2003. Beliau meneruskan agenda SMK Bagan Jaya ke arah kecemerlangan dalam kurikulum dan kokurikulum. Namun khidmat beliau tidak lama di SMK Bagan Jaya.
Pada 1 Disember 2003 belau telah ditukarkan untuk bertugas sebagai Pengetua SMK Seberang Jaya pula sebelum beliau bersara wajib. Bermula 1 Disember 2003, Encik Tan Keat Kooi bekas pengetua SMK Seberang Jaya telah ditukarkan ke SMK Bagan Jaya sebagai pengetua, sehinggalah beliau telah bersara wajib pada 15 September 2005.
Tempoh perkhidmatan beliau yang lebih lama di SMK Bagan Jaya berbanding pengetua yang sebelumnya menyebabkan beliau sempat merancang dan menjalankan pelbagai program. Banyak kejayaan telah dicapai melalui program anjuran beliau. Sumbangan yang beliau curahkan amat berharga kepada warga SMK Bagan Jaya. Encik Tan Tick Lay, Bekas Penolong Kanan Pentadbiran Sekolah Menengah Kampung Kastam, Butterworth telah dilantik sebagai pengetua baru SMK Bagan Jaya bermula 16 September 2005 dan masih berkhidmat sehingga ke hari ini.
Beliau banyak berusaha menaiktaraf kemudahan-kemudahan prasarana yang terdapat di SMK Bagan Jaya demi keselesaan dan keselamatan warga SMK Bagan Jaya. Pencapaian SMK Bagan Jaya semakin cemerlang, pertambahan pelajar begitu pesat sehingga melebihi 2100 orang pelajar. Pada masa ini, SMK Bagan Jaya terus menjadi pilihan ibu bapa untuk kelangsungan pendidikan anak-anak mereka.
Semoga SMK Bagan Jaya terus Cemerlang, Gemilang dan Terbilang. Sejarah hari ini pasti akan menjadi wadah bagi SMK Bagan Jaya untuk membina sejarah yang lebih gemilang pada masa hadapan dalam semua bidang.
Acara larian 100 meter
Aksi-aksi lompatan dalam acara lompat jauh
Pegawai yang bertugas
Pegawai yang bertugas
Orang Kuat Unit Ko-Kurikulum SMK Bagan Jaya
Ahli-ahli Rumah Kuning
Ahli-ahli Rumah Hijau
Guru-guru SMK Bagan Jaya yang bersemangat dan komited
Permata SMK Bagan Jaya
Pasukan Rumah Kuning bersama dengan guru penasihat mereka
Taklimat diberikan kepada ahli-ahli rumah kuning
Acara Lari 100 meter Rumah Kuning
Acara Lari 100 meter Rumah Kuning
Acara Lari 100 meter Rumah Merah
Acara Lari 100 meter Rumah Merah
Acara Lari 100 meter Rumah Biru
Acara Lompat Jauh Rumah Biru
Acara Lompat Jauh Rumah Kuning
Acara Lompat Jauh Rumah Kuning
